Refus indemnisation congés patho

Bonjour,
Je suis actuellement en litige avec la sécurité sociale, voici mon histoire :
En arrêt maladie du 29 décembre 2015 au 31 janvier 2016 en rapport avec ma grossesse.
Hospitalisé du 29 au 31 janvier 2016 pour menace d'accouchement prématuré. À ma sortie la sage femme me fait un arret du 1 fevrier au 15 fevrier en cochant en rapport avec un état pathologique.
Puis congés maternité du 16 fevrier au 6 juin.
Je me rend compte fin mai 2016 que mon congès pathologique du 1 au 15 Fevrier a été considéré par la sécurité sociale comme un arrêt maladie ( donc m'a remboursé que des demi-journées ) alors que mon employeur a considéré ça comme congès patho ( donc pas d'indemnités ).
J'ai donc contacté la sécurité sociale pour leur signaler qu'il y avait une erreur, qu'il devait prendre en charge à 100% mes indemnités du 1 au 15 fevrier, le congés patho etant remboursé comme le congès mat.
Sauf qu'ils viennent de me recontacter me disant qu'en faite c'est moi qui leur doit de l'argent, le congès patho fait par la sage femme est refusé, il ne considère pas ca non plus comme un simple arret, alors il me réclame mes indemnités journalières versés du 1 au 15 février... Je suis sur le cul si je peux dire!!! Alors qu'elle recours?