Assistante dentaire réceptionniste

Bonjour,

Je suis en invalidité de 1er catégorie et ce depuis bientôt 2 ans.
Je viens donc de prendre un CDD de 3 mois avec période d'essais de 13 jours, période d'essais fini, donc depuis 1 mous je n'ais pas passé la visite médicale d'embauche.
J'ai avertie la secrétaire ,qui m'à répondu ( on auras fini la période d'essais que nous aurons pas encore passé la visite médicale.
J'avoue que j'ai pris un RDV avec mon médecin traitant, car je commence à ravoir de fortes douleurs dans le dos dû à ma position au fauteuil.
Je sais que je peux de moi même saisir la médecine du travail,je crains seulement que l'employeur n'apprécie pas ma démarche.

Ma question est la suivante,je pense que mon médecin me mettra en arrêt maladie,mais le fait de ne pas avoir dit à mon employer pour pouvoir avoir le poste que j'étais en invalidité,puisque ce n'est pas une obligation.
Puis je prétendre à rompre mon CDD ou si je suis en maladie ,le CDD j'arrêtera à sa date de fin c'est à dire dans 6 semaines, ou de plein droit il se prolonge comme un CDI ,?
merci pour vos réponses