Contrat pro - calcul des heures et rtt

Bonjour,

Cela fait un an que je suis dans une entreprise en contrat de professionnalisation. Je fais 39h/semaine, formation comprise ce qui m'ouvre le droit aux mêmes rtt que les salariés. Sauf que chaque mois, un recalcul de mes rtt est fait, car j'ai été absente en entreprise... pour aller à l'école ! J'ai demandé une première fois à la Gestionnaire du personnel pourquoi il y avait un recalcul constant de mes rtt et elle m'a répondu: "Les absences école diminuent ton nombre de JRTT car tu n'es pas présente en entreprise".
Ce que je ne comprend pas trop vu que les heures passées en formation sont sensés être du temps de travail. Quand je regarde dans l'outil de déclaration des heures de travail, je déclare les jours de formation en "absence école", et mon nombre d'heure de travail diminue. Je n'ai pas fait attention au CP, mais je me demande si ce n'est pas le même problème pour leur calcul.

Je n'ai finalement rien dit pour cette année car je voulais que mon contrat soit reconduit, ce qui s'est produit. Je viens donc de signer un nouveau contrat pro de 2 ans cette fois, mais je change d'équipe et de fonction. Cependant, l'outil de déclaration des heures de travail reste le même, et j'ai donc peur qu'à nouveau mes rtt (et CP) soient vu à la baisse chaque mois.
D'autant que dans cette nouvelle formation, je serai en entreprise 4 jours par semaine, soit 3x8h + 1x7h (le vendredi), et je serai le lundi soir et le mercredi en formation, soit 1x3h + 1x 8h. Je serai donc à 42h/semaine !

Quelqu'un peut être me dire si c'est vraiment anormal comme calcul ou non. J'aimerai par contre éviter les réponses disant qu'en contrat pro on ne dit rien et on accepte tout, ce n'est pas vraiment le genre de réponse que je recherche. Je dis ça car je vois souvent ce type de réponse sur les forums... Ce sera une décision que je prendrai seule par la suite. Je voudrais cependant en parler avec ma gestionnaire du personnel, voir ma rh directement car à 42h/semaine (+devoirs, examen...) je vais vraiment être fatiguée, ce n'est pas vraiment le moment qu'on m'enlève des congés si ça ne devrait pas être le cas.
Egalement, dans le cas où ce n'est pas normal, puis-je demander un recalcul de ces jours pour l'année qui vient de s'écouler ?

Pour information, qui expliquerai peut être le problème, il s'agit d'une grande entreprise, qui ne prend généralement que des contrats d'apprentissage. Je me demande si les règles de calcul ne sont pas différentes pour eux... Le personnel est souvent à l'écoute, même quand je leur montre qu'ils ont tords (ça a été le cas pour le contrat pro de 2 ans, j'ai fini par leur prouver que c'était possible), donc le but de vos réponses n'est vraiment pas de me mettre en conflit avec eux mais de me faire une base pour établir une discussion, et leur montrer que peut être j'ai raison, et que le calcule devrait être fait autrement...

Je vous remercie d'avance pour vos réponses :)