Comment décompter les congés pour un petit temps partiel?

Bonjour,
Je travaille à temps partiel, à quart temps, tous les 2è et 4è jeudi et vendredi du mois, et le 3è mardi. C'est à dire que je peux avoir un intervalle sans travail de 2 à 3 semaines. C'est le cas sur les mois de juillet à août 2015. Mon employeur me demande de poser des congés. Il m'explique le principe de décompte (1er jour pris jusqu'au jour de la reprise, sur la base de 25 jours annuels) Sauf que dans mon cas, 2 jours réellement pris décompteront 17 jours sur 25, sur près des 2/3 de mes congés! Il y a donc une injustice en matière légale, et pourtant c'est bien le principe de décompte qui s'appliquerait d'après la loi!? On me dit que c'est pas de chance... J'ai demandé à en reparler avec la direction pour essayer de trouver un arrangement car par équité, il faudrait arriver à un décompte d'1/3 (droit en congés d'environ 6 jours annuels au vu de mon contrat)
Ma question: existe-t-il une règle de décompte différente que celle que l'on m'applique (pourquoi pas un décompte horaire?) ou l'employeur est-il totalement dans son droit en matière de décompte?
Cordialement