Cheque de caution

oui la somme est dans le contrat

Alors, si elle est dans le contrat depuis 3 ans, c'est qu'ils ne souhaitaient manifestement pas l'encaisser.
Expliquez leur que vous ne refaites pas un chèque, mais soyez correct, rendez leur un appart impeccable et ne faite pas l'impasse sur les loyers de fin de bail.
Vous ne risquez rien pour les APL puisque vous remplissez votre contrat: vous payez et faites l'entretien qui vous incombe.

Envoyez à votre bailleur une lettre avec AR en apposant l'AR directement sur le lettre (pas de risque d'enveloppe vide), où vous lui demandez de remplir ce document et de vous le restituer (joignez-y une enveloppe timbrée et mentionnez le). Il vous répondra certainement.
Envoyez donc une copie de cette lettre et de sa réponse à votre CAF. Donnez leur une copie de votre contrat de bail ainsi que les dernières quittances de loyer ou bien vos extraits bancaires où apparaissent les montants retirés.
Essayez tout de même de dialoguer avec votre bailleur: cela coûte peu et fait gagner du temps.