Plus-value d'acquisition

En 1996 et 1998, des stock options m'ont été attribuées.
En 2001, je les ai levées.
Sur le conseil d'une personne des impôts, j'ai déclaré la plus-value d'acquisition sur ma déclaration de revenu de 2001. Il semblerait que c'était une erreur.
En 2002, j'ai payé une grosse somme pour mes impôts.
En 2012, j'ai vendu ces actions avec une moins-value de cession.
Je n'ai donc rien déclaré sur ma déclaration de revenu de 2012 car déjà déclaré en 2001. Il semblerait que c'était une nouvelle erreur.

Aujourd'hui, j'ai un contrôle fiscal me demandant:
1- De payer un impôt sur une somme déjà imposée en 2001.
2- De payer des intérêts de retard alors que j'ai payé avec 12 ans d'avance.
3- De payer 10% de majoration.

Que puis je faire pour régulariser cette situation et récupérer les sommes payées en 2001 par erreur?