Litige avec agence immobilière à la sortie de mon logement

Bonjour,
Au mois de septembre 2012, j'ai quitté mon logement pour un HLM. Deux mois et demi après mon état des lieux de sortie, je reçois une lettre de mon agence immobilière me réclamant plus de 460 euros de frais pour les travaux effectués à la suite de mon départ en plus des 500 euros de caution et des 183 euros de trop perçu de loyer (Peinture, agence de nettoyage, régul' de ma facture d'eau avec facture à l'appui).

J'ai bien signé l'état des lieux de sortie indiquant que la peinture du salon été jaunie et que certain endroit de l'appartement n'été pas pas propre (ayant sans doute mis trop de produit en passant la serpillère le sol était collant). Seulement, ce n'est pas une excuse mais pour vous mettre dans le contexte, je n'ai que 22 ans, donc peu d'expérience, et je ne savais pas que suite à cette signature on pourrait me demander autant de frais.

Après quelque mois de négociation et après avoir pris conseil auprès d'un service spécialisé, j'ai finalement accepté de payer la somme réclamée moins 140 euros qui correspondent à la facture d'eau. En effet, même si il s'agissant d'un logement neuf, le compteur d'eau n'avait pas été relevé à l'état des lieux d'entrée. De plus, en un an et demi de location on ne m'a jamais réadapté ma facture en fonction de ma consommation réelle. Et, pour finir, il n'est jamais apparu la part d'eau qui été comprise sur mes appels de loyers et, j'ai beau chercher, je ne l'ai pas vu apparaitre sur aucun autre papier (mais cela peut être une erreur de ma part).
Partant de ce principe je leur ai dit que je contestais la facture mais il me menace de faire appel aux huissiers.

Mes arguments sont-il valable ? Est ce que, pour cette somme, je peux être traduite en justice ?
Aussi m'ayant envoyé le courrier avec environ 15 jours de retard par rapport au délai légal, il se sont bien dispensé de déduire les quelques indemnités au montant que je leur doit. A combien s'élèvent les indemnités par jour de retard ?

Merci de m'aider car je ne sais plus du tout quoi faire, le dialogue avec eux, même par téléphone est impossible du fait de leur manque de respect et d'arrogance.
Je veux que ça se finisse !

Cordialement.