Calcul des indemnités de licenciement

Bonsoir,
mon patron et moi sommes "convenu" d'une rupture conventionnelle (à défaut d'un licenciement économique car son entreprise coulait depuis 1 an et que je souhaitais aussi partir vu les règlements anarchiques de mes salaires qui commençait à peser sur mon moral... et celui de mon banquier) mais comme il estimait "ne rien me devoir" (après 7 ans de bons et très loyaux services!) il m'a fait disparaitre des congés payés pour réduire le solde de tout compte.
Pourriez-vous me dire quel article du code du travail je peux évoquer dans la lettre que je vais lui écrire pour les réclamer, dans les 6 mois je crois?
De plus, je ne suis pas d'accord avec le calcul des indemnités de licenciement car:
- selon ma convention collective (service automobile) on ne doit pas déduire les arrêts maladies pour le calcul de l'ancienneté (sur cela nous étions d'accord...)
- mais j'ai trouvé des informations sur des forums comme quoi on ne doit pas déduire non plus les maladies pour le calcul du salaire moyen sur les 3 ou 12 derniers mois (le salaire doit être reconstitué, car il paraitrait que tout salarié (dusse-t-il avoir été malade sur la totalité de sa dernière année de contrat par exemple) a droit à des indemnités de licenciement. Pourriez-vous me confirmer l'information, le texte qui s'y rapporte, ou la loi ou la jurisprudence peut-être?
Je vous remercie beaucoup.
Amourgloaréboté