Succession

A l'occasion du divorce, les biens communs au couple ont été partagés. C'est ce qui explique que son ex-femme ait eu la moitié de la maison. Mais en aucun cas, leur fille a eu "sa" part et n'a aucun droit sur la succession de son père.
Au décès de votre ami et sauf testament, les biens de votre ami seront partagés 50/50 entre ses 2 enfants.
En ce qui concerne votre apport dans la fin de la construction et les travaux que vous avez financés, il serait peut-être utile de le préciser dans un acte enregistré (de préférence notarié). Cela aura pour effet de couper court à toute ambiguité ultérieure.
Une SCI peut simplifier certains problèmes de gestion ou clarifier vos apports à tous les 2 (votre ami et vous), mais ne change rien aux règles de transmission.
Selon les souhaits de votre ami, les conseils d'un notaire et un testament approprié seraient des plus utiles.

tout ce qui a été fait pour mon fils tous les achats de biens rénovation maison etc sera automatiquement partage 50/50 entre mon fils et sa fille
Si personne ne prend aucune disposition contraire, ce sera le cas.
A ce jour puisque vous n'êtes pas mariés ni pacsés et que la maison est intégralement celle de votre compagnon, ses seuls héritiers sont donc ses enfants. Et vous aurez du mal à récupérer les sommes que vous avez éventuellement investies dans ce bien pour des travaux de rénovation ou d'amélioration.

https://www.planete-patrimoine.com/Gestion-de-Patrimoine/Articles-Patrimoniaux/concubinage-consequences-separation.html

Plusieurs solutions se présentent à vous, que vous devriez étudier ensemble avec un notaire : créer une indivision, créer une sci, se marier, se pacser, faire un testament...
En dehors de l'héritage dont bénéficiera votre fils, vous devriez penser à vous : votre situation est très précaire ! en tant que concubin n'ayant aucun droit de propriété sur cette maison, vous n'aurez aucun droit de vous maintenir dans ce logement en cas de décès de votre concubin ni même en cas de séparation ! Un pacs avec un testament pour vous donner un droit d'usage et d'habitation serait un minimum, un mariage avec donation au dernier vivant encore mieux pour bénéficier de l'usufruit jusqu'à la fin de vos jours, le pacs et le mariage vous exonérant en plus de droits de succession.
Chaque solution ayant avantages et inconvénients, seul un notaire pourra vous aider à y voir clair ; à condition que votre concubin soit sur la même longueur d'ondes que vous, bien sûr.

Même si c est vrai que lors du divorce c est bien son ex-femme femme qui à hérite de la moitier de leurs bien en commun
On n'hérite pas de quelqu'un de vivant. Leur communauté a été liquidée et chacun a repris ce qui était à lui.

et non pas directement sa fille
On divorce d'avec son époux, on ne divorce jamais d'avec ses enfants.

c est grâce à ce partage qu aujourd'hui sa fille a un appartement
Essentiellement grâce à ce qui appartenait donc à sa mère.

Mon fils lui n aura aucun droits déçu par contre elle (sa fille) aura la moitié de tout se que nous avons en commun c est bien ça ??
Votre fils aura exactement les mêmes droits que sa fille sur l'héritage de leur père (sauf disposition testamentaire).

Donc mon fils est bien lésé par rapport à sa fille
Pas du tout : chaque enfant héritera de chacun de ses parents.
Votre fils héritera de ce que détient son père, et de ce que vous détenez.
A vous de faire en sorte de faire reconnaître votre contribution à la valeur de ce bien (par la solution à étudier avec le notaire).