Solde de tout compte incomplet

Bonjour,

Je viens de recevoir mon solde de tout compte suite à la fin de mon cdd (contrat de professionnalisation) et mon employeur à décompté tous les jours que j'avais pris en récupération durant mon contrat (suite à de nombreuses heures supplémentaires) en congés payés, ce qui fait une différence d'environ 600 euros par rapport au montant que j'aurais normalement dû percevoir...

De plus, je lui fais cadeau de toutes celles qu'il me reste, n'ayant pas pu les prendre avant le terme de mon contrat en récupération.

Je précise que ces heures supplémentaires ne sont pas notifiées sur mes bulletins de paie, car c'était un accord "entre nous".

A-t-il le droit de compter ces jours récupérés en congés rétroactivement?

Merci pour vos réponses!