Prime de congés payés

Bonjour,
j'ai travaillé 13 mois en cdd dans une structure de soin et sur mon contrat il était stipulé qu'à la fin de mon contrat je toucherai 10% de prime de congés payés, ainsi que 10% de prime de précarité. Jusque là pas de soucis. Sauf que durant ces 13 mois j'ai pris 3 jours de congé. A l'époque j'ai posé question au comptable de la structure sur les retombées financières par rapport à ces congés. Il m'a répondu qu'il n'y avait aucun soucis et que je serai payée au prorata. Un peu naïve je l'avoue ( c'est mon premier emploi sur une longue durée) je comprend qu'ils calculeront au prorata des 10 %. Sauf que le jour où j'ai reçu ma dernière fiche de paye je me rends compte qu'en prenant ces jours de congé j'ai perdu beaucoup d'argent ( 450 euros nets sur un petit salaire ça compte!), puisque je suis passée dans un système de CA ( congés annuels) au lieu de toucher les 10% sur l'ensemble de mes salaires ( en brut). Ma chef de service ne m'a jamais informé de cela. La responsable du personnel me dit qu'elle ne peut rien faire car tout a été informatisé et que j'ai effectivement pris ses 3 jours. Sauf que si j'avais su que je perdrais autant je ne les aurai pas pris. Je ne sais pas vraiment ce qu'il m'est possible de faire, mais j'estime avoir été mal voir non informée.
Peut être qu'une personne s'est déjà retrouvée dans mon cas, et aurait des conseils à me donner. Merci d'avance!