Temps remboursement indemnité par l'employeur

Bonjour,
Je suis en arrêt de travail depuis la mi septembre (arrêt maladie), je perçois mes indemnités de la sécurité sociale tous les 15 jours environ (ce n'est pas régulier), ce qui correspond à 60 % de mon salaire.
J'ai envoyé le décompte à mon employeur pour obtenir le remboursement de la part employeur (convention collective 90 %), cela fait environ 3 semaines et à ce jour, je n'ai jamais reçu d'indemnités de la part employeur pour la période de mi septembre à aujourd'hui. Pourquoi ? Au niveau des indemnités de la sécu, ils m'on remboursé jusqu'au 23 octobre pour le moment.
Je ne serais remboursée que par la sécu à hauteur de 60 % ? Je croyais qu'en arrêt de travail, on était remboursé normalement.
Pouvez-vous me répondre pourquoi l'employeur ne me règle pas le complément ? La subrogation n'a pas été cochée.
D'avance, merci.