RDS-CSG, taxée deux fois

Bonjour,
voilà, je suis en accident de travail depuis 2006. lorsque j'étais en subrogation je me suis vu taxée deux fois le même montant RDS-CSG sur le paiement que faisait la sécurité sociale a mon employeur! est-ce légal?
la sécu me taxe et lorsqu'elle reverse mes 60%à mon employeur il retaxe dessus.....
j'ai remarqué que d'autres entreprises ne le faisaient pas, pourriez vous me répondre j'ai un conflit avec mon employeur.merci