Récupération points sur permis non mis à jour

Bonjour,
Mon fils Michaël a obtenu son permis en 2005 (6 points) En juillet 2007 il a fait l'objet d'un dépassement vitesse autorisé par radar mobile de 3 points et d'une amende de 90 €. Il a reçu en recommandé de passer un stage de 2 jours pour récupérer ses 3 points et le remboursement de son amende. En août 2007, il a fait ce stage (250 €), il a eu une attestation, il a envoyé le nécessaire pour récupérer le montant de l'amende. Il a eu le virement du montant de l'amende sur son compte bancaire 1 ou 2 mois plus tard. Seulement, en octobre 2008, il a été arrêté pour défaut de ceinture, 3 points et une amende. Il a réglé l'amende. Il vient de recevoir une LRAR qu'il lui fallait rendre son permis de conduire, qu'il n'avait plus aucun point.
Chose étonnante, on mentionne l'infraction de juillet 2007 avec le retrait de 3 points ainsi que celle d'octobre 2008 avec le retrait de 3 points = 0 point. Nous sommes allés à la sous-préfecture, Préfecture de MARSEILLE.... on nous dit que la remise des 3 points n'avait pas été faite lorsqu'il avait fait son stage de 2 jours..... par les services ..... bref, il se trouve qu'aujourd'hui il ne devrait plus avoir son permis.... Je vous remercie de nous conseiller et de nous orienter afin que l'administration puisse rattraper son oubli de saisie et que mon fils qui vient d'obtenir un emploi depuis le 12 janvier à EUROCOPTER -emploi inespéré dans cette période- puisse continuer à aller à son travail ?
Je vous remercie
Jacqueline COUIX