Trajet en temps de travail

Bonjour,

Je suis étudiant en alternance, avec un rythme pas très pratique, car j'ai cours du lundi au mercredi midi, et je suis en entreprise du mercredi midi au vendredi soir ...
Le problème c'est que je n'ai pas trouvé d'entreprise à proximité, donc quand je sors des cours, j'ai environ 150km (1h30 de train) à faire ...
Alors j'ai 2 alternatives :
- Je sors des cours à 12h30, mon train est à 12h53, je descend à 13h53 et ai une correspondance à 13h55 ... et j'arrive à mon entreprise à 15h. (train plus trajet jusqu'à l'entreprise)
- Mon train (qui vient de loin) a 5mn de retard, je loupe ma correspondance, j'attends la prochaine qui est a 14h55 (1h plus tard) et j'arrive à mon entreprise à 16h...

Le problème c'est que à la fin de la semaine je n'arrive pas à mes 39h, je dois pointer et me retrouve en négatif rapidement ...

Mon temps de trajet peut il être considéré comme du temps de travail ? Car pour le moment si mon train est en retard je prend un demi RTT ... et ça part vite ...

Merci de votre aide,

Kazé