Contestation : ma fille sous antibiotiques

Bonjour, 
Je suis séparé, ma fille a trois ans, et au moindre rhume sa mère lui donne des antibiotiques, systématiquement. 
Quand je récupère la petite sa mère me donne des antibiotiques à lui faire prendre, mais je n'en fait rien car je trouve cela abusif de lui en donner autant. 

Je me demande quels risques encours ma fille à prendre beaucoup d'antibiotiques, et le bon fonctionnement de ses défenses immunitaires dans tout ça ? 
La mère insiste auprès du médecin pour ne soigner la petite qu'avec cela, je ne suis pas d'accord, que puis-je faire entant que père ? 
Écrire un courrier au généraliste lui demandant de ne pas systématiquement lui en prescrire si cela n'est pas nécessaire ? En effet, je ne suis pas d'accord avec la mère. 
Nous allons passer devant un juge aux affaires familiales pour définir correctement la garde alternée de la petite, pensez-vous que je puisse aborder ce sujet des antibiotiques qui me pose problème ? 

Merci pour vos réponses.