Révision du loyer jamais reçue

"j’ai lu sur legifrance et sur le site du service public que la révision du loyer ne prend effet qu’à partir du moment où le locataire en est informé"

Non, la loi ne le formule pas de cette façon.

L'article 17-1 de la loi de 1989 indique précisément que :
"A défaut de manifester sa volonté d'appliquer la révision du loyer dans un délai d'un an suivant sa date de prise d'effet, le bailleur est réputé avoir renoncé au bénéfice de cette clause pour l'année écoulée."

Il y a une importante nuance entre "[le bailleur doit] manifester sa volonté d'appliquer la révision du loyer" et "le locataire en est informé".

Typiquement, le bailleur doit justifier par tout moyen qu'il a manifesté cette intention auprès du locataire sans forcément avoir à justifier que ce dernier en a accusé réception.

"ils ne précisent pas si la lettre recommandée est obligatoire. "

Car elle ne l'est pas pour les raisons au-dessus.

Bon, après, une notification à une adresse invalide, n'est probablement pas valable car bien qu'elle "manifeste la volonté du bailleur", il faut quand même manifester cette volonté à quelqu'un, en l'occurrence le locataire.

Sauf éventuellement si cette adresse invalide figure dans des documents que vous avez rempli.

"comment faire pour prouver que je n’ai jamais reçu le mail ni les relances?"

Il n'y a jamais à prouver l'absence de quelque chose.

C'est à l'inverse à eux de prouver qu'une notification vous a été adressée.

"Et surtout n’est-il pas curieux qu’ils aient mis autant de temps avant de me contacter par téléphone?"

Le manque de sérieux de certaines agences immobilières est de notoriété publique.

L'agence a dû réagir que quand le bailleur s'est étonné de recevoir un loyer différent et a vu qu'il n'avait pas augmenté pendant X années alors qu'il aurait dû.

Et maintenant elle se cherche des excuses où vous rejette la faute pour ne pas assumer ses fautes.

C'est un classique.

Merci beaucoup pour votre réponse. J’ai d’abord soupçonné une fraude de l’agence, j’ai contacté le propriétaire par mail pour lui demander s’il avait entendu parler de cette histoire mais il m’a dit que non. Il m’a assuré cependant avoir des contacts téléphoniques réguliers avec l’agence, mais jamais aucune mention de cette histoire. 
 

Concrètement, je suis tout à fait d’accord pour que le loyer soit augmenté (du moment que c’est fait dans les limites de la loi). Mais me demander de payer des arriérés dont je n’ai jamais eu connaissance, c’est totalement injuste. 

Si j’ai bien compris, à partir du moment où ils ne peuvent pas prouver que j’ai été informé (la mauvaise adresse ne figure sur aucun document, ils ont toujours eu la bonne. Ils ont du faire une erreur en la rentrant dans leur nouveau logiciel), ils ne sont pas en droit de me réclamer l’équivalent de ces deux ans de révision? Et si ils maintiennent leur position, c’est à eux de prouver que l’information m’est parvenue? Et non pas à moi de démontrer le contraire?