Facturation HT ou TTC

"si je comprends bien, l'agent co facture en HT jusqu'au seuil , et dès qu'il  le dépasse dans le mois, il facture alors TTC ?"

C'est légèrement plus complexe que ça.

S'il s'attend à dépasser le seuil en cours de mois, il peut appliquer la TVA dès la première facture du mois, pour se simplifier les choses ensuite.

Ou s'il ne se rend compte qu'en fin de mois qu'il a dépassé le seuil, il doit émettre des factures rectificatives avec la TVA pour toutes les factures émises depuis le 1er du mois.

Source : Bofip BOI-TVA-DECLA-40-10-20 et en particulier le §170

"et chaque année civile c'est remis à zéro ?"

Maximum 2 années consécutives dans les conditions prévues au bofip BOI-TVA-DECLA-40-10-20, §100 et suivants