Logement congé Préavis raccourci

Bonjour,
Locataire pendant 2 ans et demi; la crise du COVID est passée par là et l'employeur de ma fille n'a pas renouvelé son contrat CDD au 31 juillet 2020.
Ne pouvant plus assumer son loyer, nous lui proposond de l'héberger et elle envoie dans les termes et les règles son courrier de congé du logement au bénéfice du préavis raccourci pour le 31 août. Elle ne peut joindre immédiatement son justificatif à ce courrier car son employeur ne lui a encore fourni aucun document à cette date, ce dont elle informe l'agence qui ne dit rien en retour.
A force d'insister elle finit par obtenir ses documents 15 jours après et elle les parvenir en courrier avec AR à l'agence qui les reçoit le 19 septembre.
Entre temps l'agence accepte de faire l'état des lieux de sortie et de remise des clés , ma fille ayant déménagé toutes ses affaires, fait le nettoyage et menues reparations (rebouchage à l'enduit approprié de 7 petits trous de chevilles).
Près de 2 mois plus tard, l'agence lui réclame le loyer des 19 jours de septembre arguant qu'elle n'a pas eu le justificatif dans le même courrier que le congé Et, de plus, lui facture la facture de la totalité de la mise en peinture du salon où se trouvaient les trous qu'elle a méticuleusement rebouchés .
Nous sommes désemparés car tout cela s'élève à plus de 1000€ pour un loyer d'un appartement à l'origine, de 450€.
Quels sont nos droits?
Merci de votre aide.
PS: de plus dans son contrat figurait la location d'une cave incluse dans le loyer dont elle n'a jamais pu bénéficier, l'agence arguant de travaux mais on ne lui a jamais déduit la site part relative à cette cave.