Remboursement moitié frais déplacement par employeur

Bonjour,
je travaille actuellement en tant qu'ATER dans une université française située à 300 km de mon logement. J'avais entendu parlé du remboursement de la moitié des frais de déplacement par l'employeur si ceux-ci étaient réalisés en transport en commun. La personne aux RH m'a envoyé les documents pour le remboursement de ces dits frais qui s'effectuaient sans problème depuis septembre. Or, je viens de recevoir un coup de téléphone m'informant que comme il ne s'agissait pas d'un abonnement mensuel (mais d'aller-retour en train) ils allaient opérer une retenue sur salaire équivalent aux remboursements perçus jusqu'alors. Est-ce bien légal ? Que puis je faire ? Quelles sont les modalités de remboursement des frais de déplacement par l'employeur?
Je vous remercie de votre aide, je suis vraiment ennuyée de cette situation.
Bonne soirée.