Loyer encadrement

Bonjour, je loue un appartement de type F1 bis comprenant un garage.
Ma question est la suivante: j'ai reçu à date d'échéance (1er juillet) en 2014 et 2015, 2 augmentations sucessives de loyer.
La lettre qui a pour objet: Révision du montant du loyer, précise: 'en fonction de l'indice IRL'. Je loue cet appartement depuis juillet 2002.
Jusque la rien d'anormal.
Suite à quelques griefs verbaux avec mon voisinage, le propriétaire m'a fait savoir par téléphone que je risque de ne pas récupérer ma caution: 598,52€.
Sachant que l'ai effectué des travaux de rénovation remboursés par le propriétaire, et compte tenu du temps d'occupation des locaux, (15 ans) celui-ci peut-il mettre en oeuvre sa menace? j'ai un contrat signé de location Loi n° 89-462 du 06 juillet 1989.
Merci d'apporter quelques infos pour me rassurer,
très cordialement, Régis.