Paiement des charges en autoentrepreneur

Bonjour,
Je suis autoentrepreneur et je vais payer ce moi-ci mes charges pour le trimestre 2. Un client m'a payé en retard, la facture date de début Juin et je reçois le règlement ce jour le 3 juillet. Dois-je payer des charges dessus pour le trimestre 2 ou pour le trimestre 3. La question est de savoir si le paiement des charges se fait à la facture ou au reglement de celle-ci.
De la même façon, j'ai edité deux factures au 30/06 au lieu du 01/07, dois-je les declarer pour le trimestre 2 ou 3 ?