Vente d'un bien en indivision

Bonjour,
A la suite de notre divorce, ne pouvant ni l'un ni l'autre racheter la part de notre maison, le notaire lors de la liquidation des biens nous a proposé une convention en indivision. Nous avons opté donc pour cette solution car nous voulions en plus maintenir nos enfants à la maison le temps qu'ils terminent leurs études. D'un commun accord, nous avons décidé que c'est mon ex époux qui habiterait la maison et j'ai pris un appartement. Aujourd'hui, après 1 an d'indivision, nous sommes d'accord pour vendre la maison car nous avons un acquéreur. Lors du compromis de vente le notaire m'a appris que je serai soumise à une plus value sur la vente de la maison car ayant pris un appartement, les impôts considéraient que dans mon cas, la maison était pour moi une résidence secondaire.
Je ne comprends pas puisque lors d'un divorce forcement, un des conjoints quitte le domicile et il n'en reste pas moins que nous sommes 2 a en être propriétaires. Cette décision me semble injuste et si le notaire nous en avez informé avant nous n'aurions sans doute pas accepter cette solution.
Pourriez vous me dire, si je devrais réellement être soumise a cette plus value car je suis perdue et surtout pas du tout au courant de mes droits?

je vous remercie pour les réponses que vous pourriez m'apporter.
Elsya