Cdd - rectorat - remboursement IJ et maternité

Bonjour à tous,

j'ai travaillé en cdd pour le rectorat de paris comme maitre auxiliaire. Mon contrat était du 01/09/2011 au 05/07/2012. J'ai été arrêtée pour des problèmes liés à ma grossesse le 05 juin 2012. Le rectorat m'a versé mon salaire de juin, puis mes congés payés (c'est ainsi précisé sur l'attestation assedic mais sur ma fiche de paie il est indiqué plein traitement) pendant juillet et août 2012. J'ai trouché des IJ du 05/06/2012 au 17/07/2012 puis mon congé maternité du 03/08/2012 au 22/11/2012. Le rectorat vient de m'informer par courrier de ce qui suit: "nous procédons actuellement à la régularisation du trop perçu sur traitement cumulé à des indemnités journalières de securité sociale, suite à l'envoi de l'attestation de salaire pour le congé de maladie du 05/06/2012 au 17/07/2012 et de maternité du 03/08/2012 au 31/08/2012. Vous recevrez prochainement un titre de perception d'un montant brut de 1072,33 € et 1240,63 €"
le rectorat a-t-il le droit de me réclamer ces sommes? si je comprends pour les IJ du 05/06/2012 au 05/07/2012 puisque mon contrat était encore en cours, je conteste pour les IJ du 06/07/2012 au 17/06/2012 et pour le congé maternité du 03/08/2012 au 31/08/2012. pourquoi devrais-je reverser ces sommes payées par la securité sociale? si je n'avais pas été en congé maternité j'aurais de toute façon perçu un salaire plein en juillet et août (correspondant au congés payés), pourquoi devrais-je être "pénalisée" par ce congé maternité? est-ce légal? merci d'avance pour votre aide.
cordialement