Congés en mi-temps thérapeutique

Bonjour,
Je suis en mi-temps thérapeutique depuis 1 mois après 6 mois d'arrêt de travail. Il me reste pas mal de congés à prendre qui datent d'avant mon arrêt. Quelle est la règle dans ce cas ? en effet si je les prends maintenant ils me seront décomptés en jours payés à temps partiels alors que financièrement ce sont des jours cotisés à temps complet ?
Merci pour votre réponse