Problème déclaration de revenus et PACS

Bonjour,
Problème concernant la déclaration de revenu 2010
Mon amie et moi-même avons conclu un PACS mi-2010 et par obligation professionnelle elle travaille la semaine à 500km du domicile (elle loue un appartement). Selon la procédure "classique", nous devons faire la 1ère année: 3 déclarations. Nous serions presque non imposables.
Mais contre toute attente, les impots nous forcent à réaliser 2 déclarations séparés. Nous deviendriont imposable, ils invoquent que le pacs est un contrat en séparation de bien et que nous ne sommes pas domiciliés au même endroit. Et n'ont pas l'air de comprendre que c'est pour raison professionnelle. Pourtant nous avons déclarer une adresse commune.

Comment leur prouver qu'il faut faire une déclaration commune?

le plus préjudiciable est que pour les années suivantes selon la loi, on serai obligé de déclarer encore séparément. Il ne serait même plus possible de décuire en frais réels les trajets et le coût du logement loué.

Est-ce que cela fonctionnerait si on modifiait la convention de PACS pour passer en régime indivis? soit juste avant de remettre la déclaration aux impôts.

Merci pour vos suggestions. N'hésitez pas, même une piste vague serai un début.