1/2 journée de maladie, c'est légal ?

Bonjour,
je suis allée au travail mercredi matin comme d'habitude.
Mais j'étais mal et il a fallut que je rentre chez moi vers 9h45. Comme mon médecin (gynécologue) était en congés, sa secrétaire m'a conseillé une consultation aux urgences à la maternité de l'hôpital.
Ce que j'ai fait.
Mais, je suis arrivée chez moi vers 11h30. Mon mari m'a rejoint au train (RER) d'après (je ne me sentais pas capable de prendre le volant). Et donc notre départ vers l'hôpital s'est fait après 12h15. Quand nous sommes arrivés à l'hôpital, entre le trajet, l'attente "normale" et les urgences du bloc opératoire, je n'ai vu un médecin que vers 15h.
On m'a donc remis un bulletin de "visite aux urgences" pour l'après midi (que j'ai donné à mon service RH dès le lendemain en arrivant au travail).
C'est là que ça ce complique !
Je pensais être en arrêt maladie l'après midi (puisque sur le bulletin c'était précisé : après midi) et le matin en heures de récupération.
Mais la RH m'informe qu'elle n'a pas le droit de me mettre en maladie pour une demi-journée.
Et donc, elle me met directement 7 heures de récupération.

Où est la logique là dedans. Que dit la loi ? Je n'ai pas réussi à trouver d'info.
Qu'en pensez-vous ?