Arrêt de travail,reprise et arret de travail

Bonjour, je travaille en banque,j'ai eu un premier arret (avec reprolongation) de fin mai à début juillet.j'ai ensuite été obligé de prendre mes congés d'été tout le mois de juillet. je devais reprendre le travail en aout,mais j'ai été à nouveau en arret jusqu'à mi novembre. j'ai repris pendant deux jours et demi sauf que ma santé ne me permet pas de continuer, donc de nouveau en arret de travail pendant 3 semaines minimum. comment ça se passe au niveau des indemnitées journalières sachant que mon employeur me payait integralement mais du coup avec les 6 mois d'arret que j'ai eu. Et ma reprise est ce que cela change quelque chose ?