Licenciement a l amiable ou inaptitude????

Bonjour,
Je vous explique ma situation a ce jour,
Je suis en arrêt maladie depuis Octobre 2008; pour hernie discale, j'ai été opéré en février 2009 mais aucune amélioration.
Je suis actuellement préparatrice en pharmacie et j'ai 23 ans..
Ce matin j'ai vu la médecine du travail alors que je suis en arrêt maladie, convocation annuelle mais mon patron a oublié de dire que j'étais en arrêt maladie..

Bref, le métier de préparateur en pharmacie je ne peux plus pour le moment et les arrêt maladie on va pas en faire toute ma vie..
Je souhaite reprendre une formation pour un poste adapté.

Voila ma question aujourd'hui..
en arrêt maladie depuis 1 ans, ai je cotisé pour le chômage??
Mon patron me propose un licenciement à l'amiable avec une petite prime.
la médecine du travail peut me juger inapte a mon poste donc licenciement pour inaptitude..

quel sont les différences entre ces 2 types de licenciement??
vais je avoir droit aux mêmes allocation chômage??

Une fois licencié je pourrais faire des formations ect.. alors qu'en arrêt maladie on est plus ou moins bloqué..

j'ai presque dit oui pour le licenciement à l'amiable .. Je suis en arrêt maladie jusqu'au 30 Septembre..
A votre avis, quel serait la meilleur solutions car je vois pas la différences entre ces 2 types de licenciement et le pôle emploi réouvre Lundi et mon patron me rappelle cette après midi pour fixer une date.

Merci mille fois de votre aide car je suis complètement perdu.