Travaux à négocier sur les loyers

Bonjour,
nous venons d'emménager et avons effectué de gros travaux avec l'accord du propriétaire : réfection d'un garage en salle à manger avec percement d'un mur de communication avec la maison, pose d'un parquet, placo, etc.
réfection de la salle de bains après une fuite d'eau dans le carrelage , donc pose nouveau carrelage, cabine douche... nous n'avons pas encore signer notre bail et donner juste un mois de loyer depuis avril 2009. Pouvons nous demander une participation sur les loyers restant dus, compte tenu de l'importance des frais et devons nous faire noter ces travaux sur le bail? merci des précisions.