Heures supp et temps de travail annualisé

Bonjour,
Je suis employée depuis le 1er septembre 2005 sous la convention collective du 31 octobre 1951 avec un contrat de travail mentionnant 39 heures de travail hebdomadaire avec 23 jours de rtt. Le 1er juin 2007, mon employeur a annualisé mon temps de travail. Ma première question est: l'employeur a t-il le droit de modifier le contrat de travail sans faire signer un avenant à son employé?
Au 31 mai 2008, je disposais de 141 heures supplémentaires. Quel est le délai pour payer ces heures supplémentaires? car voici mon gros souci:
J'ai donné ma démission car depuis un an mes conditions de travail se sont dégradées, à savoir que souvent je fais des heures pour pallier le manque de personnel, je fais des tâches qui ne m'incombent pas et souvent j'ai dû me battre pour avoir mes jours de repos. En juillet dernier, mon médecin m'a arrêté pour surmenage après avoir travaillé pendant 2 semaines non stop, soit 80 heures. Il faut savoir que mon emploi du temps m'impose un rythme très irrégulier. En effet, je peux être amenée à travailler en journée, en soirée, en nuit ou le week-end sur la même semaine. Je n'ai jamais eu un planning hebdomadaire régulier. Cela change d'une semaine à l'autre.
Le comptable de mon employeur a effectué un bilan de mes heures au 31 mai 2008 et a recalculé ce que je devais effectué sur l'année suivante: 1607-141= 1466 heures. Je voudrais savoir si c'est légal de procéder de cette façon.
J'ai rdv bientôt avec mon employeur pour faire le point sur mes heures supplémentaires et je ne souhaite pas être lésée dans cette histoire. Quelqu'un peut-il m'aider ou me donner quelques conseils? Merci beaucoup.