Incendie maison mitoyenne location

Bonjour 

J'ai bien compris que mon assurance (propriétaire non occupant) et celle du locataire vont se retourner contre celle de la voisine

Comprenez plutôt qu'il ne pourront se retourner contre le voisin (et/ou son assureur) que si et seulement si ils peuvent prouver une faute de celui-ci dans la survenance ou la propagation de l'incendie (cf 1242cc al.2)

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mais qu'en est-il des loyers pendant la durée des travaux? 

Votre locataire s'exonérant de sa responsabilité par l'origine extérieure (1733cc) n'a donc pas à vous indemniser de quoi que ce soit, et il a même la possibilité non réciproque de résilier le bail (cf 1722cc).

C'est donc ce que prévoit votre contrat qui prévaudra pour votre indemnisation de cette perte.

Dans le cas où une faute démontrée du voisin permettrait à vos assureurs d'exercer un recours contre lui ou son assureur, ce recours comprendrait le découvert éventuel de garantie que vous subiriez.