Reprise ou non après maladie professionnelle

Bonjour,
je suis actuellement employée en tant que "employé polyvalente". Je me trouve en arrêt de maladie professionnelle depuis le 22/12/2016 et valable jusqu'au 30/09/2018. Deux maladies professionnelles mon été reconnues par la CPAM et la MDPH m'a reconnue la qualité de travailleur handicapé. Les médecins et spécialistes avec qui j'ai consulté et par qui j'ai été opérée, m'ont dit de demander à mon médecin traitant d'établir un certificat médical final de consolidation avec séquelles pour le 1er octobre 2018. J'en ai informé le médecin du travail qui lui même a communiqué à mon employeur cette situation et lui demandé de me fournir un nouveau poste de travail ou d’aménager mon ancien, suite aux séquelles par lesquelles je suis handicapées
Mon employeur m'a communiquer par courriel de me présenter le 24/09/2018 au médecin du travail (alors que je n'ai pas encore le certificat médical final, je ne l'aurais que le 1er octobre 2018). De plus il me dit de me mettre en contact avec la responsable de mon service afin que cette dernière me donne mes horaires de travail pour le lundi 1/09/2018. Tout ceci sans me dire quel poste il m'est proposé, ni si mon poste serait aménagé. J'ai en ma possession plusieurs avis médicaux, disant tous que je ne peux plus travailler à mon poste antérieur.
Questions: le médecin du travail, peut-il me proposer un nouveau poste ou selon lui je pourrais travailler ou cette démarche est-elle réservée à l'employeur? Si le médecin du travaille me déclare apte (alors que je ne suis pas) que se passera t-il lors de ma théorique prise d'emploi le 1er octobre? Quels sont les recours dans l'immédiat?
Je vous remercie par avance de vos réponses. Cordialement.