Prime pour l'emploi 2015 et arrêts maladies + maternité

Bonjour à tous ,
Alors voilà je vous explique mon soucis ! Je viens de recevoir mon avis d'impôts 2015 sur impot.gouv et j'ai constaté que cette année je n'avais pas de prime pour l'emploi . J'ai appelé les impôts pour leur demander une explication et ils m'ont expliqué que j'ai gagné trop par rapport au nombre d'heures déclarées ( j'ai déclarer 12000 euros grosso modo pour environ 1250 heures de travail effectuées) .
Cependant , j'ai eu énormément de divers arrêts maladie en 2014 suite à ma grossesse , j'ai bien évidemment déclaré ce que la sécu m'a indemnisé mais on me dis que j'aurais du déclarer les heures payées par la sécu car elles comptent comme du temps de travail effectif mais ils indemnisent avec un système en jours ! Comment aurais je du remplir cette fichue case d'heures pour la prime à l'emploi ? Et comment régulariser la situation ?? merci pour votre aide