Rupture conventionnelle

Bonjour,
salariée depuis 2006 en Guadeloupe, je suis éducatrice spécialisée.
Suite au suicide de mon mari en 2012, j'ai été arrêtée en longue maladie deux ans, et j'ai demandé à mon employeur une rupture conventionnelle. Je souhaitais alors rentrer en France près de ma famille. L'accord de rupture m'a enfin été accordé par mon employeur en Janvier 2014, et les choses ont traîné, car il prétendait essayer de trouver la meilleure solution pour moi , prétextant ne pas pouvoir engager de procédure pendant ma maladie!
Mon arrêt maladie a pris fin le 1 er juillet, et n'ayant pas l'intention de retourner en Guadeloupe, j'ai demandé à bénéficier de mes congés annuels, et en même temps d'entamer la procédure de rupture. Mon employeur m'a alors annoncé que l'inspection du travail refuserait de m'accorder la rupture car je suis en arrêt depuis deux ans avec des fiches de paye à zéro. Et que pour le calcul de mes indemnités chômage, ce ne sera pas possible. Donc, pas la peine d'entamer une procédure vouée à l'échec, qu'il ne me reste donc que la solution de démissionner.
A-t-il raison ?
J'ai lu que de toutes façons, le calcul des indemnités se fait sur les 12 derniers mois travaillés.
Je vous remercie d'avance,
Cordialement