Mise en place badgeuse/pointeuse

Bonjour,
Mon responsable souhaite mettre en place une pointeuse afin de contrôler les arrivées et les sorties de chacun alors que nous sommes payés au mois.
Certains employés ne font pas leur quota d'heure mensuel et d'autre en font plus.
Je me demande si en cas de contrôle de l'inspection ou autre, les salariés faisant plus d'heure que prévu au contrat devront avoir une régularisation de salaire et à l'inverse ceux qui en font moins devront ces heures à l'entreprise.
Merci de votre aide.