Convention syntec idcc1486 et arret maladie

Bonjour,
Pourriez-vous me dire comment calculer le salaire d'un employé non cadre à 80%(ne travaillant pas le vendredi) qui a eu un arrêt maladie du 10au13/12/2013.La convention collective est la convention Syntec idcc 1486. La sécurité sociale a versé à l'employeur 42.31€ d'indemnité brute pour la journée du 13/12(soit 39.48 en nette). l'employé a plus de 5 ans d'ancienneté. Son salaire de base est de 2000€. Dois-je lui retenir les 3 jours de carence qui n'ont pas été réglé par la sécurité sociale? Dois-je lui reverser les ijss sachant que ce jour là il ne travaillait pas? Merci pour votre aide. Cordialement