L'agence a-t-elle le droit??

Bonjour, Bonsoir,
Suite à un accident de travail mon compagnon a été en arrêt, à cause de cela 1 loyer a été refusé mais payé sur les deux mois suivants, mais lorsque je suis allée à l'agence payer la seconde partie du loyer restant dû, la secrétaire m'a dit qu'ils avaient commencer à prélever une partie de la somme manquante car les loyers sont directement prélevés par l'agence. Nous n'avons pas été mis du tout au courant de ce prélèvement. L'agence a -t-elle le droit de prélever des sommes en plus du loyer sans le signaler???
Merci d'avance!
Cordialement.