Annualisation des heures

Bonjour,
là ou je travail nous sommes annualisé , la structure est ouverte 44 semaines par an du coup pour avoir le même salaire nous sommes annualisés pour ma part je fais 33h par semaine et suis payée 31.5h. Le problème c'est que j'ai été en arrêt maladie, j'ai fait une demande de rupture conventionnelle qui sera effective après mes vacances . sauf que mon employeur me dit que a cause de mon arrêt même si la structure est fermée je n'ai pas le droit a ces congés ( congé annuel il me reste 6 jours) mais ensuite je n'ai plus droit aux congés dû par mon lissage a cause de mon absence. Pouvez vous m'éclairer? je ne sais pas si j'ai été claire.. Lorsque qu'on est lissé et en arrêt maladie les heures prises en comptes sont celles qu'on est payé 31.5h ou celle qu'on aurait du faire 33h?Merci d'avance