Frais de dossier rupture conventionnelle

Bonjour,
je suis en pleine rupture conventionnelle, mon patron ne souhaite pas me payer les frais d'indemnités et me demande donc de les déduire de mes congés ce que j'accepte, seulement il m'a fait signer des fiches de congés totalement bidons, lui fesant confiance je me disais que ces congés étaient équivalent à l'indemnité, sauf qu'il a pris en compte aussi tous les frais de dossier s'élévant soit disant à 500€ sans bien évidement m'en parler avant... Puis je me retourner contre lui ? Il passe par un cabinet social pour ses contrats, je ne comprend pas que se cabinet social puisse cotionner ce genre de chose, il me semble que ce n'est pas vraiment légal...