Employeur malhonnête

Bonjour,
Pour expliquer dans les grandes lignes, je suis en CDI depuis 2ans et demi,j'ai voulu proposer un CIF a mon employeur car j'ai un projet pro qui nécessite une formation, celui ci ne veut pas en entendre parler et à même été jusqu'a me dire que si j'insiste ça va se finir au prud'homme (chantage qui n'a pas marché puisque le CIF est un droit lui ai je répondu).
Suite à cela on a planché sur une rupture conventionnelle, voulant faire ma formation au plus vite et pour lui, trouver quelqu'un de stable pour me remplacer et ainsi avoir quelqu'un de confiance pour la pleine saison.
Jusque là tout va bien...

- Cela dit j'ai des irrégularités comme par exemple ma visite médicale, jamais faite ni à l'embauche, ni au bout de 2ans. (j'ai fait plusieurs tendinites à cause du poste et des séances de kiné pour mon dos, travail répétitif).
- Ensuite début septembre il m'annonce une annualisation "sans avenant" et ne me compte pas mes heures supp du mois d'aout (je note mes heures depuis cette annualisation), logiquement l'annualisation n'est pas rétro-active?!
- Puis lors du payement de mon 13mois je m'aperçois que la CSG a été retenu 2 fois sur ce 13ème mois, donc 60euros en moins sur la prime et une explication plus que douteuse de la part du comptable.

Je n'ai jamais eu confiance en mon employeur (comme tous ses employés)mais je n'ai jamais voulu poser de problèmes pour quelques dizaines d'euros sachant qu'il sait manipuler, isoler et limite harceler pour faire partir les gens mécontents qui réclament leurs dû.
Lors de la future signature de la rupture conventionnelle, je m'attends soit à prendre une faute grave pour insulte avec faux témoignage du comptable (certains employés m'ont dit qu'ils en étaient capables). soit m'assoir sur les heures supp et voir indemnités pour les irrégularités.

J'hésite à prendre un assistant aux personnels et pourquoi pas avertir l'inspection du travail pour toutes ces irrégularités flagrantes mais je veux absolument partir la tête haute, c'est à dire non démissionnaire, si je lui cherche des poux il serait capable de ne plus vouloir signer la rupture et par la suite me pousser à bout jusqu'a ce que je parte (je ne céderais pas de toute manière).

Ma question est simple, que me conseillez vous et que feriez vous à ma place?

Dans l'attente de réponses éclairées, je vous remercie d'avance!!!

Cordialement, Jibi.

édit: j'ai oublié de dire que mon collègue est prêt à me suivre en cas d'entourloupe de sa part, mais mon patron ne me mettant rien à l'écrit et ne me parlant qu'en tête à tête, il n'est pas censé être au courant sauf de ce que je lui dis (il est dans le même cas que moi pour ces irrégularités).