Indemnités rupture conventionnelle

Bonjour,

Mon employeur m'as proposé une rupture conventionnelle sur laquelle nous avons fini par se mettre d'accord sur le montant de l'indemnité, les entretiens et tous les papiers ont été signés en règle et même accepté par l'inspection du travail.
Mon contrat a pris fin le 30/04/11, je viens de recevoir tous les documents qu'il doit me fournir mais j'ai un doute sur ma fiche de paie. Je fais partie du bâtiment, j'étais en congés du 18 au 27/04 payés par la caisse des congés sans problème, malgré tout ça ma paie est différente des autres mois. Normalement entre mon salaire et le complément de la caisse des congés j'arrive à un salaire normal là non, car j'ai mon indemnité qui vient tout perturbé et je voulais savoir si cette indemnité était soumise à cotisations et si ça doit changer quelque chose sur mon mois de salaire ?

Merci pour vos réponses.