Mi-temps thérapeutique

Bonjour,
Après un arrêt de travail suite à un accident, mon médecin m'autorise une reprise a mi-temps. Cette reprise se fait après le période des congés annuels car l'entreprise était fermée. Aujourd'hui la médecine du travail me dit que je ne pouvait pas reprendre à mi-temps étant donné que j'ai bénéficié de la préiode de congés et la sécurité sociale me confirme que je suis dans mon droit puisque la société était fermée.
Pouvez-vous m'aider à savoir qui à raison et quel est mon droit?
Merci
Patricia