Déclaration vie à 2 appartement

Bonjour, j'ai quelques questions et j'espère que vous pourrez m'aider.
Alors voici la situation, je vie actuellement avec ma petite amie dans un appartement hlm en location à mon nom.
J'ai cet appartement depuis avril 2010 et ma petite amie vie avec moi depuis avril mais pour le moment elle est déclarée chez ses parents et nous voudrions nous déclarer ensemble.
J'ai appelé l'ophlm, ils m'ont dit que nous avions 2 options, soit je déclare ma copine comme résidant dans mon logement et hébergée à titre gratuit, soit elle vient signer un avenant au bail avec moi.
Voici les problèmes : j'ai fait une simulation APL sur internet et j'ai le droit aux APL puisqu'il y a 2 ans j'ai fait la moitié de l'année en formation et l'autre moitié à travailler, j'avais donc un revenu moyen annuel bas.
Actuellement je suis en CDI et j'ai un salaire de 1128€ net, ma petite amie est en formation d'infirmière et perçoit une bourse de 384€ mensuel. Il va de soit qu'elle garde sa bourse pour ses abonnements de trains, tram et bus, ainsi que pour payer ses repas les midi à son IFSI.

Je voudrais donc savoir si le mieux est de nous déclaré ensemble ou non, et de simplement la déclarée hébergée à titre gratuit ou de signer un avenant au bail.
Est ce que je dois faire ma demande d'APL après ce changement auprès de l'office HLM, et concernant les impôts qu'est ce que cela va changer?
Est ce que ma copine aura toujours le droit de toucher sa bourse après ce changement ?

Voilà toutes les questions qui nous trottent dans la tête (désolé d'en avoir autant) et merci de vos réponses qui je l'espère pourront nous aider :)