Travaux avant obtention permis de construire

Bonjour,
Nous venons d'acquérir une vieille maison avec beaucoup de travaux.
Nous avons monté un dossier de permis de construire, car nous avons un projet d'agrandissement. Dans ce projet, nous avons inclus la pose de veluxs sur la toiture de la construction existante ainsi que la rénovation du chien assis.
Nous avons déposé le dossier en mairie, après avoir vérifié auprès de l'architecte des bâtiments de France et de la DDE que le projet soit réalisable.
Après plusieurs changements à la demande de l'architecte, nous avons eu l'accord de part et d'autre.
Nous avons donc anticipé nos travaux pour les veluxs et la rénovation, sans attendre les 3 mois de délais d'obtention pour ne pas souffrir de l'hiver.
Quelles peuvent en être les conséquences, car une personne de la mairie nous à rendu visite et nous à fait part de son mécontentement?

Merci à tous ceux qui pourront me renseigner!