Prix contrat mariage

Bonjour,
Mon concubin et moi nous marions dans 2 mois, nos avons acquis nos biens avant : résidence principale valeur 175 000 € en indivision et SCI en indivision également.
La SCI a trois appartements valeur total 209 000€.
nous mettons notre patrimoine dans un contrat de mariage pour créer une communauté.
pour ne pas s'embêter le notaire a valorisé la SCI à la valeur des biens alors qu'elle ne vaut rien car il y a les dettes bancaires et comptes courants d'associés.
De même pour la résidence principale les dettes ne sont pas déduites.
On a signé un acte et on doit retourner le voir avec notre extrait de mariage.
Il nous a demandé déjà 3 300€
J'ai demandé à un comptable la valeur exacte des parts de la SCI (négative) mais le notaire ne veut pas faire d'acte rectificatif, disant que ça ne changera rien : ni au coût total de notre contrat (cher : 3300€ je pensait à 1500 MAXI) ni s'il nous arrive malheur à l'un ou à l'autre suite à une valorisation érronée à ce jour. Est ce exact? merci pour vos réponse