Déduction de hausse loyer sur depot garantie

Bonjour,

Sur mon bail locatif signé en 2005 (bail pour 3 ans renouvelable par tacite reconduction) , est mentionnée sur une page une clause de révision des loyers :

Révision "premier juillet de chaque année"
Indice du cout de la vie 2002_ , 2003_, 2004_,2005_
Valeur de l'indice : (rien)

Sur une autre page, chapitre Révision du loyer est écrit :
Le loyer sera révisé automatiquement et de plein droit chaque année à la date anniversaire du bail ou à la date stipulée aux conditions particulières en fonction de la variation de la moyenne sur 4 trimestres de l'indice du coût de la construction oublié par l'insee ou en fonction de l'indice ou du taux de l'évolution qui lui serait substitué. L'indice de référence servant à cette révision est précisé aux conditions particulières.

Je n'ai pas eu d'augmentation pendant 2 ans (accord oral entre propriétaire et locataire) puis en 2008 une augmentation de 15 euros (demandée oralement par le propriétaire) basée sur une estimation du propriétaire. Je possède les quittances de 2008.

Je viens de quitter le logement. J'ai demandé et reçu une attestation de mise à jour des loyer comme quoi je suis à jour des charges et des loyers.

Mon état des lieux est nickel, il n'y a rien à déduire.
Or je viens de recevoir mon retour de dépot de garantie, sur lequel le propriétaire a déduit :
Ce que j'aurai du payer en 2006 comme augmentation de loyer (basé sur cout de la vue = +1,86 %)
Ce que j'aurai du payer en 2007 comme augmentation (basé sur cout de la vue = +1,86 % de 2006 )
Ce que j'ai payé comme écart en 2008 suite à son augmentation (15 euros * x mois) MOINS ce que j'aurai du payer en 2008 (basé sur cout de la vue = +1,86 % de 2007)

EN gros il reste pas grand chose du dépot de garantie..
Cette déduction est-elle légale ? Et si oui, sur quelle article de loi s'appuie-t-elle ? Puis-je contester si je possède l'attestation de mise à jour des loyers ?

Je remercie par avance chaque personne qui voudra bien m'aiguiller.