Indemnisation maladie professionnelle

Bonjour, si une reconnaissance en maladie professionnelle à lieu après avoir signé une inaptitude de travail avec la médecine du travail, peut ont quand même percevoir les indemnités doublées a posteriori ?

Car ma procédure de reconnaissance en maladie professionnelle est en cours et je ne sais pas si elle sera terminée avant la reconnaissance de mon inaptitude. 

Par ailleurs, j'ai 3 critères déterminant quand à reconnaissance d'une maladie professionnelle, mais j'ai cru comprendre qu'il fallait également un taux d'handicap de 20 %, comment est-il calculé ?