Fin de travaux

Bonjour,
Suite à une nouvelle construction nous avons déposé en mairie un dossier de fin de travaux. La mairie ne nous ayant pas répondu dans les délais de trois mois, la conformité des travaux est donc doffice accordée non ? En voulant effectuer de nouveaux travaux ds notre maison sans toucher à la façade à savoir scinder l'étage en deux parties pour y faire un appartement, ces derniers nous refusent les travaux sous prétexte qu'il y a des non conformités sur le permis initial. Est ce normal ? Merci d'avance pour vos réponses.