Salaire négatif pendant plus de 2 mois.

Bonjour,

j ai été en arret maladie pendant 3 mois, normalement mon employeur fait une subrogation pour toucher mes indemnites journalières, mais la la sécurité sociale m'a versée à moi les indemnites sur mon compte bancaire, ayant été hospitalisée et pas capable de gerer mes papiers je n'ai pas vu sur mon compte bancaire les virements de mes indemnités journalières.

J'ai repris le travail le 23/5/2016, et le 27/6/2016 mon responsable m'a convoqué pour me dire que je devais rembourser les sommes qui lui étaient dus de la sécurité sociale,
3110 euros, il m'a dit qu'il avait vu avec notre expert comptable et que j'avais 2 options soit régler la somme complète somme que je n'ai plus, soit j'ai un salaire à 0 pendant 2 mois et demie pour régler la somme.
A t'il le droit de ne pas me verser de salaire?
Merci de votre réponse